Il crollo dell'Unione Sovietica ha avuto conseguenze molto gravi, si può dire disastrose, per la regione dell'Asia Centrale. La crisi degli anni Novanta ha avuto un impatto particolarmente difficile sul Kirghizistan e sul Tagikistan, meno ricchi di risorse naturali rispetto a Kazakistan,  Turkmenistan e Uzbekistan. 

Il Tagikistan possiede un territorio di dimensioni limitate, con un’economia debole. Vengono esportati principalmente fibra di cotone e alluminio grezzo, mentre le importazioni sono più diversificate: petrolio, gas, materiali da costruzione, cibo, medicinali, macchinari e attrezzature. Inoltre, la distanza dalle rotte commerciali internazionali ha causato una debole integrazione nell'economia internazionale.  Con l’indipendenza, il Tagikistan ha iniziato a perseguire una politica estera di buon vicinato nei confronti di tutti gli stati dell'Asia Centrale. Va sottolineato che il Tagikistan è l'unico paese dell’Asia Centrale a non essere turcofono, ma iranofono, e questo  fattore ha influenzato negativamente le relazioni con gli altri stati dell’area. Il secondo fattore che ha ostacolato l’ingresso nella una nuova era dell'economia globale è stato la guerra civile (1992-1997), scoppiata dopo la dissoluzione sovietica, che ha portato il caos e distrutto l'economia,  facendo del Tagikistan uno dei paesi più poveri al mondo. 

Inoltre, le relazioni bilaterali e multilaterali tra il Tagikistan e i paesi dell’Asia Centrale si sono sviluppate con molta difficoltà perché gli egoismi nazionali di questi stati hanno ostacolato a lungo l’interazione socio-economica e politica a livello regionale. Gli stati "ricchi” si sono rifiutati di stabilire una cooperazione equa e reciprocamente vantaggiosa con gli stati “poveri"; in particolare,  al Tagikistan rimaneva una sola via d’uscita, vale a dire lo sfruttamento dell'energia idrica. Tuttavia, questa aspirazione ha causato particolare insoddisfazione in Uzbekistan, che dipende in misura significativa dall’acqua proveniente dal vicino paese. Pertanto la cui leadership uzbeka ha reagito in modo aggressivo a qualsiasi iniziativa del Tagikistan riguardante la costruzione di centrali idroelettriche.

Dal momento della proclamazione dell'indipendenza, infatti, l'Uzbekistan ha iniziato a rivendicare per sé il ruolo di egemone regionale. Si tratta dell’unico stato che confina con tutti i paesi dell'Asia centrale, ha notevoli risorse naturali, un esercito forte e un significativo potenziale industriale. Le relazioni tra Tagikistan e Uzbekistan sono state quindi difficili, anche per la presenza di forti minoranze nazionali. Gli abitanti dell'Uzbekistan, secondo i dati ufficiali, sono per il 5-6% tagiki (ufficiosamente – arrivano fino a 6 milioni di persone), e non meno del 24,4% della popolazione del Tagikistan (fino a 1,5 milioni di persone) è composta da uzbeki.

Benché le relazioni diplomatiche tra Uzbekistan e Tagikistan siano state stabilite sin dall’ottobre 1992 e nel gennaio 1993 i due paesi abbiano firmato un Trattato di amicizia e assistenza reciproca, il primo incontro ufficiale tra i leader dei due paesi ha avuto luogo solo nel 1998, quando il presidente tagico Rahmonov ha visitato Tashkent su invito dell’omologo uzbeko, Karimov. Nell'ambito di questa visita sono stati firmati accordi intergovernativi per il transito di merci e per le forniture di gas uzbeko al Tagikistan. Nel giugno del 2000, Karimov ha ricambiato la visita in Tagikistan e in questa occasione sono stati firmati accordi bilaterali reciprocamente vantaggiosi, oltre al simbolico Trattato di amicizia eterna. Da allora, i due paesi hanno approfondito la cooperazione nel campo della libera circolazione di beni, servizi, manodopera, capitale e mezzi di trasporto. Sono state adottate misure per la liberalizzazione del regime transfrontaliero, per la ristrutturazione e di riduzione del debito del Tagikistan nei confronti dell’Uzbekistan, nonché per la riduzione di prezzi e tariffe sul gas ed altri prodotti forniti al Tagikistan. Nel dicembre 2001, i presidenti hanno poi raggiunto un accordo sulla ripresa delle attività della Commissione intergovernativa per il commercio e la cooperazione economica. 

L'Uzbekistan rimane tuttavia il partner economico e commerciale meno importante del Tagikistan. La quota dell'Uzbekistan nelle esportazioni tagike è stata del 4% nel 2017, mentre le importazioni  ammontavano  a1,1%. La principale merce di esportazione del Tagikistan è l'elettricità, la principale merce importata è il gas uzbeko.

Le relazioni tagiko-uzbeke si contraddistinguono tradizionalmente per i tentativi di Tashkent di creare un rapporto diseguale tra i due paesi. Ad esempio, il regime transfrontaliero imposto  dall'Uzbekistan al Tagikistan è stato sempre molto limitativo. Inoltre, attualmente non sono ancora stati sminati dei singoli tratti di confine. Solo nel 2018 è iniziata la bonifica congiunta del territorio nel distretto di Punjinkent in Tagikistan, al confine con la regione di Samarcanda dell'Uzbekistan. 

L'Uzbekistan ha inoltre sfruttato a suo vantaggio anche la dipendenza del Tagikistan dal transito di merci attraverso il proprio territorio. In questo modo ha potuto impedire i tentativi tagiki di sviluppare lo sfruttamento dell'energia idroelettrica. Le dispute "idriche" si sono  sommate alle tensioni interetniche, provocando diversi incidenti e scontri di confine. Tali scontri sono avvenuti periodicamente dalla fine degli anni ‘80 ai primi anni ‘90 e un picco particolare di tali incidenti si è verificato alla fine degli anni 2000. La controversia più famosa è la disputa sulla costruzione della centrale idroelettrica di Rogun sul fiume Wahsh in Tagikistan. L' Uzbekistan si oppose a questa costruzione, in quanto  avrebbe potuto portare all’interramento dell’Amudarya e, in caso di rottura della diga, le conseguenze sarebbero state disastrose sul suo territorio e sulla produzione agricola. 

Queste tensioni hanno fortemente limitato per decenni la cooperazione tra i due paesi. In particolare, l'Uzbekistan nel 2001ha introdotto unilateralmente il regime dei visti con il Tagikistan, che nel 2013 ha adottato un’analoga contromisura. Di conseguenza, le relazioni economiche dei due stati si sono ulteriormente ridotte.

Soltanto con l’avvento al potere in Uzbekistan di Shavkat Mirziyoyev nel 2016 le relazioni bilaterali hanno cominciato a migliorare gradualmente: dapprima sono stati risolti i problemi riguardanti i trasporti, quindi si è finalmente trovata una soluzione anche alla questione controversa dell’utilizzo della centrale idroelettrica di Farkhad, sul fiume Syrdarya.

Il miglioramento dei rapporti con l’Uzbekistan è sicuramente una svolta molto positiva per il Tagikistan, che però in seguito ad essa ha sospeso la realizzazione di molti progetti nazionali e regionali, precedentemente avviati per far uscire il paese dalla situazione di stallo delle comunicazioni e di dipendenza dalle strade uzbeke. Sarebbe opportuno che il governo del Tagikistan riprendesse in mano questi progetti, comprendenti la costruzione di infrastrutture  ferroviarie e stradali interne, ma soprattutto della ferrovia TAT (Turkmenistan-Afghanistan-Tagikistan) che appare di grande importanza strategica per migliorare la situazione di isolamento del paese.